Børnerådet kan i det væsentligste tilslutte sig vejledningen, som bærer præg af at være grundigt udarbejdet og vidner om sensitivitet og respekt over for de personer, som vejledningen drejer sig om. Det er ligeledes positivt, at Sundhedsstyrelsen har inddraget bruger-organisationer og fagpersoner i udarbejdelsen.
Børnerådet forholder sig særligt til kapitel 9 om behandling hos personer under 18 år. Her fremgår det blandt andet, at unge under 18 år kan modtage irreversibel behandling. Dette har Børnerådet tidligere kritiseret i et høringssvar: ’Transkønnede under 18 år skal kun tilbydes en medicinsk behandling, som er reversibel’. Dengang anbefalede Børnerådet, at der - ud fra et beskyttelseshensyn – kun tilbydes reversibel behandling til unge under 18 år. Denne anbefaling fastholder rådet.
Blandt andet i lyset af den nye rapport fra Amnesty International om kønsmodificerende behandling af spædbørn, ’First, do no harm. Ensuring the rights of children born intersex’ (2017), undrer det Børnerådet, at dette aspekt af kønsmodificerende behandling ikke bliver omtalt i vejledningen. Der knytter sig nogle helt særlige udfordringer i forhold til behandling af spædbørn, da barnet ikke kan tage aktiv del i udredningsforløbet og bidrage med sine perspektiver og sit samtykke. Det betyder, at beslutningen udelukkende er op til forældre og det specialiserede sundhedspersonale. Børnerådet mener, at dette aspekt også bør adresseres i vejledningen med fokus på den store usikkerhed forældre måtte opleve, hvis deres barns køn er usikkert ved fødslen, og sundhedspersonalets tilsvarende store ansvar i forhold til at vejlede forældre. Derudover opfordrer Børnerådet til, at der bliver udarbejdet nationale retningslinjer for kønsmodificerende behandling af spædbørn samt kommer yderligere fokus på støtte til forældre samt til de børn og unge, der har gennemgået eller gennemgår kønsmodificerende behandling.